Основное отличие систем чиллер - фанкойл от других систем кондиционирования заключается в том, что между наружным и внутренними блоками циркулирует не фреон, как это обычно бывает, а жидкость (как правило, вода). Для охлаждения воды служит чиллер, который является обычным фреоновым кондиционером, через испаритель которого проходит не охлаждаемый воздух, а вода. Охлажденная вода с помощью насосной системы передается по системе теплоизолированных трубопроводов к фанкойлам. Фанкойлы выполняют ту же роль, что и внутренние блоки сплит-систем и устанавливаются в кондиционируемых помещениях.